Das Compilen an sich geht relativ easy. Das geht dann direkt an die OUYA.
Allerdings musst du einige Schritte vorher machen. Du musst sicherstellen, dass die OUYA per USB Kabel an den PC angeschlossen ist und erkannt wird.
Das kannst du in deinem Android SDK Ordner unter platform-tools mit der adb.exe testen. Am besten in dem Ordner Shift+Rechtsklick -> Eingabeaufforderung hier öffnen und dann in die befehlszeile eingeben:
adb devices
Dann müsste da nach kurzer Zeit eine kryptische Zahl stehen und das müsste die Ouya sein. (Es darf dann kein anderes Android Gerät angeschlossen sein)

Das wichtigste hierbei ist: Du musst in deinem Windows Benutzer Ordner (also c:\benutzer\NAME\) im .android Ordner (Versteckte Dateien notfalls anzeigen lassen) eine Datei adb_usb.ini erstellen wo genau (und GANZ genau):
0x2836
drin steht und abspeichern. Dann erst dieses "adb devices" starten. Jetzt müsste die OUYA erkannt werden.
Ich hoffe ich habe nichts vergessen aber am Anfang hats mich auch Zeit gekostet das alles zum laufen zu kriegen.

ACHJA, damit das ganze überhaupt funktioniert, muss in dem SDK Manager Unter dem Punkt "Extras" -> Google USB Driver installiert sein. Wenn dieser hier nicht auftaucht, dann den SDK Manager updaten auf mindestens API 16.

Wenn das alles klappt, dann kannst du in Unity einfach in den Build Settings auf die Android Plattform wechseln und dann wird bei "Build & Run" das Spiel automatisch kompiliert, auf die OUYA kopiert und gestartet.

Wegen der Steuerung, wie gesagt, ich habe es nicht mit Input gemacht, sondern mit eigenem Script und OUYAInputManager. Wenn du magst, kann ich dir das script mal zukommen lassen.